空飛ぶスパゲッティバスターズ！

早乙女なつは月と地球を往復するハネムーン号で、社畜的に働いていた。

彼女のたった一つの願い。

それは宇宙空間でおいしいラーメンを食べることである。

いつも通りの業務の最中、突如出現したワームホール。

その中にはとんでもない世界が広がっていた。

充電コードを触手にするイソギンチャクと、そこで充電するカクレクマノミたち。
不協和音をまき散らしながらファイトクラブよろしく殴り合う様々な楽器たち。
巨大ミドリムシの軍勢や、空飛ぶチャーシュー円盤の群れ。
羽ばたく紙幣蝶と頭がお花畑の棒人間たち。

そして、そこを支配する存在、空飛ぶスパゲッティモンスター！

なつの願いをかなえ、元の世界に変えるには奴のミートボール脳みそを破壊するしかない。
フォークに乗る先輩の助けを借りて、２人はいま、戦いに挑むのだった。