君がこぼした孤独の音を、私は色で塗りつぶしたい

高校二年生の深山 遥（みやま はるか）には、他人に言えない秘密がある。それは、人が奏でる音や抱く強い感情が、特有の「色」として見えてしまう「共感覚」のような力だった。心配性で慎重な彼女は、その力に振り回されないよう、いつも感情を抑えて静かに過ごしている。

ある放課後、遥は誰もいないはずの旧音楽室から聞こえてくる、透き通るような、けれど「真っ白で空っぽ」なピアノの音を耳にする。そこで弾いていたのは、学校で「天才」と噂されながらも、ある事件をきっかけに表舞台から姿を消した少年・瀬戸 怜士（せと れいじ）だった。

怜士の音にだけ「色」がないことに驚く遥。彼女は、彼の音が失ってしまった色を取り戻すため、彼が抱える「過去の謎」と「凍りついた心」に、音色を通じて触れていくことになる。