東京郊外――霧に包まれた洋館の奥。

その地下室に、封印されていた真実が目を覚まそうとしていた。

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【領域外の妹の記憶】

灰原哀は、夢の中で**“自分のもう一つの顔”**を見た。

それは彼女自身――いや、「宮野エレーナ」に瓜二つの女性の姿だった。

女性「哀……まだ“戻って”はいけないわ。記憶が定着するまで……」

灰原「あなたは誰……？」

女性「私は、“あなたの母”の記憶を継ぐ者……そして、最初の“領域外の妹”」

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【公安の情報室・赤井務武のファイル】

安室透（バーボン）は、機密指定解除された古いファイルに目を通していた。

安室「……赤井務武が、ミネルバ計画を追っていた……？」

そこに記された文字に、彼は言葉を失う。

《Project Minerva／記憶転写と人格複製による知性の永続化》

安室（RUMの“クレイドル計画”と一致する……！）

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【FBI・赤井秀一の証言】

赤井「……俺の父は、“ある研究員”と接触したあと、消息を絶った」

コナン「研究員……“エレーナ・宮野”？　それとも……」

赤井「いや、“エレーナ”は研究チームの一員でありながら、内部告発を考えていたらしい。父もその協力者だった。組織にとって最も恐れるべき存在だった」

コナン「それで、消された……」

赤井「ただ一つ、記録に残っていた音声データがある。“Cradle001は女性。知識と記憶は移植可能。倫理は、もはや問題にならない”――そう記されていた」

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【ロンドン・ミネルバ研究所跡地】

領域外の妹――メアリー・世良は、焼け跡に立っていた。

メアリー「……私の肉体は“再構成”されたの。エレーナと同じ“ナノ再構築薬”によって」

世良「だからこそ、私はもう“元の自分”ではない。私の中にはエレーナの記憶が断片的に残っている」

世良「私は、“クレイドルの被験者番号002”。あなたたちの戦いは、すでに“過去の記憶”に刻まれているのよ」

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【安室 × 赤井の協力】

安室「君の父親と、僕の上司だった諸星大河。二人は“裏の公安”で繋がっていた」

赤井「……だったら、今だけは共闘してもいい。“記憶を武器にした支配”を止めるためにな」

二人が初めて拳ではなく“握手”を交わす。

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【組織アジト】

RUM「予想通りだ。あの二人が動いたか」

ボス「だが無駄なことだ。彼ら自身が、既に“記憶操作”の実験体なのだから」

RUM「ふふ……“赤井秀一”が赤井秀一であるという保証は、どこにもない」

ボス「そして“バーボン”にもまた、複数の“記憶の系統”が混在している。ゆえに彼らは矛盾に苦しむだろう」

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【世良真純 × コナン】

世良「新一……あんた、記憶の中の“本当の自分”をまだ見つけてないんじゃない？」

コナン「……え？」

世良「本当の“新一”は、今の君じゃないのかも」