東京・杯戸中央病院、地下第六施設。

冷たいガラスの向こう、赤子のような姿の“彼”が静かに眠っていた。

その名は――クレイドル（揺りかご）。

科学者「彼の脳波……安定しています。人工子宮と電気刺激で、前世の記憶の断片が活性化しているようです」

黒ずくめの女性「そのまま続けて。“あの方”の遺志を継ぐ者として、彼を導かなくては」

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【阿笠邸】

コナン「クレイドル……まさか、“次の烏丸蓮耶”を作ろうとしてるなんてな」

灰原「それが真実なら、私たちは第二の組織と戦うことになる」

哀はひとつの疑問を口にした。

「ところで、あなたのお母様――工藤有希子さん。“全然歳をとっていない”って噂になっているわよ？」

コナン「ん？ まあ、昔のアイドル時代から見た目変わらないって言われてるけど、メイクじゃないの？」

哀は静かに首を振った。

「調べてみたの。工藤優作さんもだけど、20年前の写真と現在の写真……肌の細胞再生のパターンが合わない。――“何かを服用してる”可能性がある」

コナン「まさか……APTX？」

哀「APTX試薬群には、実は“老化抑制”の可能性がある派生物も含まれていた。副作用を抑えた“試薬0021”。それを――」

そこへ阿笠博士がやって来た。

阿笠「ふむふむ、それはちょっと都市伝説っぽいぞ、哀君。じゃが……」

灰原「博士。あなた、“試薬0021”に関して、知ってますよね？」

阿笠の眼鏡が光った。

「ふぉっふぉっふぉ……そこまで言うなら、本当のことを言おう。――私は、シャロン・ヴィンヤードがベルモットになる過程を知っておる」

コナン＆灰原「え!?」

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【ベルモットの回想】

30年前。ニューヨーク。

シャロン「この薬さえあれば……永遠に若く、美しいままでいられる……！」

“試薬0021”――それは初期段階で「老化抑制」をもたらす特殊な試薬。

だが代償に「精神不安定」「記憶断裂」「肉体退行の可能性」など、多くの副作用があった。

それでも、彼女は選んだ。

その結果、シャロンは“娘”のクリスに成り代わった。

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【警視庁・黒田兵衛の執務室】

安室「黒田管理官……あの、ひとつ訊いても？」

黒田「なんだ」

安室「あなたが“顔を大きく負傷した”とされる事故……やはり公安の作戦だったのでは？」

黒田は静かに口を開いた。

「公安の潜入任務は、記録に残らぬ。“あの顔”を失ったことで私は、別人として“戻ってきた”んだ。すべては……“彼の追跡”のためだ」

安室「“彼”？」

黒田「烏丸蓮耶の“意志”だよ。私は、初代・黒田が追っていた組織を、終わらせなければならない」

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【灰原の秘密研究室】

灰原「APTX4869は“適合者”しか生き残れない。新一や私が縮んで済んだのは、“特異遺伝子”を持っていたから」

コナン「それが、組織の“選別”の根拠だった？」

灰原「ええ。実は“適合者”は世界中でも100人に1人以下。だから彼らは、サンプルを求めて“無差別に使っていた”のよ」

「哀ちゃん……まさか君、もうひとつの薬を……？」

「開発中よ。“逆転型APTX”――縮んだ者を元に戻す薬。でも、条件が厳しすぎる。使えるのは“完全適合者”だけ」

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その夜、コナンは眠れなかった。

「阿笠博士が黒幕かもって言われた時期もあったけど、やっぱり違うな。けど、博士も何か隠してるよな……」

彼の胸の中に、また一つ、疑問が灯る。

（なぜ、俺が“江戸川コナン＝工藤新一”だと、誰も気づかない？）

（蘭……母さん……服部でさえ、“確信”が揺らぐ……）

（もしかして、“意図的に記憶を曖昧にさせられている”？）

（だとしたら、“あの方”は今も――どこかで、生きてる!?）