我々はりんごで自分たちの記憶を取り戻すことができます

茶丸・ヴィエイラは、うつ病と診断された寡黙な高校生だ。ある事故によって、彼は感情、両親、そして記憶を失った。その日以来、茶丸の目に映る世界は、色を失った灰色の景色へと変わってしまった。
そんな彼が迎えた誕生日。その日に出会ったのが、同じく孤独を抱える高校生――林檎森・よるだった。控えめで物静かな少女でありながら、よるはなぜか自らの意思で茶丸に近づいてくる。
二人は、世界が本当はどんな姿をしているのかを知るため、否応なく外の世界と関わっていくことになる。共に時間を重ねるうちに、茶丸は思う。自分たちは似た存在なのか、それともこの世界において、ただ二人きりのユニークな存在なのか――。
その答えを見つけるために、茶丸は壊れてしまった五つの感覚と、よるが愛してやまない「リンゴ」を頼りに、灰色の世界を歩き始める。