宇宙戦艦オグナ

地球圏連合が異星生命体「クロス」と50年に及ぶ戦争を続ける世界。
誰からも顧みられることなく生きてきた孤独な女性サラギ・エカは、ある日突然、軍の中央管理AI〈イチフカヤ〉の指示で最終決戦宇宙戦艦オグナの補給士に任命される。
エカは艦内で、ヨーク士長、ポラコ補給士と共に、ユーティリティセクション・ユニットDとして過酷な環境での作業と区画の「引越し」を繰り返していた。
クロスは人間の観測状態を操作して量子レベルで人間を分解・捕食する能力を持ち、人類はそれに対抗するため、量子効果を無効化する新兵器「波動光弾」を開発。
オグナは敵母星惑星カッサンドラへの特攻作戦を敢行するが……