魔法少女シオン

皇紫音（すめらぎ しおん）は、おとこの娘な可愛さを持つ高校一年生。

本人も自分の容姿にコンプレックスはなく、ごく普通に学校生活を謳歌していた。

――が、事態は急変する。

世界各地で迷惑極まりない行為を繰り返す悪の組織が、ついに紫音へと手を伸ばしてきたのだ！！

攫われた紫音を待ち受ける、怪しい研究所！
怪しい博士！
そして、怪しすぎる人体改造！！

果たして紫音の運命は？！

そして――

世界の明日はどっちだ？！