魔術紋が浮き出るという現象自体に、深い意味はありません。
・発光する性質を持つ特殊な魔術紋であること（右側に目があるヒラメみたいなものなので、あまり気にしないでください）。
・自らのイドラによって生命の危機に晒されていること。
この二つの条件を満たすと、体の奥深くに刻まれている魔術紋が光り、体表に浮き出ます。作中ではイドラのチカラを極限まで引き出すと魔術紋が体に浮き出ると言われていますが、あれは誤りです。ただの稀有な異常者認定マークです。体の危険信号です。
また、魔物が魔術紋を見て反応を変えるのは、単にそれに恐怖を感じるからです。警戒色みたいなものですね。