S(エス)は、Sisterの略語で、戦前の少女文化では主にお姉様と妹という1:1でお付き合いをするときに言われました。
ただ、M(Mother)が寮母という隠語なのと同じで、ただの当時の女学生言葉なので、いろいろな意味に使われ、今の百合とかGLとほぼ同じ意味だと考えて良いと思います。
新作でもクラスメート同士の百合という意味で使用しています。
他にも様々な言い方があり、例えば「お熱」という言い方もありましたし、当時の跡見では「ご親友」という呼び方をしていたようです。こちらの方が友人とそれを超えた関係という意味では面白い呼び方かもしれません。