企画より参りました、ヘビーなしっぽです。企画へのご参加ありがとうございます。
推測が捗りますね。今後の物語がとても気になります。


お互い執筆頑張りましょう。

読ませていただきました！
企画趣旨に則り、改善案を書かせていただきます。


・冒頭が説明の塊で、物語が動いていない

“何が起きた世界か”を読者に教えてるだけで、主人公の行動・目的・危機が始まってない。読者は説明だなってなった時点で読むのやめるか飛ばします。

「京砂が水族館に向かう」場面から始めて、説明は後で小出しにするべき。

例えば

水族館の入口で、僕は立ち止まった。
家族連れの笑い声、甘いポップコーンの匂い、ガラス越しの青。――なのに、背中だけが冷たい。
ここが、腐神対策機関JCIの集合場所。
冗談みたいだが、送られてきた住所は間違いなくこの場所を指している。
ポケットの中では、合格通知の紙がまだ湿っていた。届いた時に勇気が出ず三時間も握りしめて、破れかけた封筒の名残が指先に張りつく。
僕、対仮京砂は――今から“腐神”に関わる側に行く。

とか。
そっから冒頭の歴史を語る方が、読者は読む姿勢になれます。


・固有名詞が多いのに整理されてない（腐神 / MT / トラス）
　「腐神」が現象名なのに「名称をMTと言う」しかもトラスと呼ぶこともある。どれが何を指すのか混乱します。
呼び名は最初は1つ。別名は後で「通称」扱いで物語上で出せばいいので一気に出す必要がない。


・トーンがぶつかって“軽く見える”

64万人死亡の災害直後に主人公の高校受験合否くらいのテンションは、読者が世界に乗る前にやると作品全体がチープに見える。作者が世界を重く見せたいのか、軽いコメディにしたいのか分からんとなり、読者の身構えが迷います。

どう考えても、重いトーンで統一すべきだと思います。


・数字が“それっぽい”のにリアリティを削ぐ

死者648,117名・行方不明1名は、狙いが分からないと「作者が適当に作った数字」に見える。
ここは“約65万人、行方不明1名”くらいで十分。現実のニュースでも、大きい数字の端数まで公表されることはなかなかありません。


・注釈が謎

｛ちなみに説明しとくと、JCIはトラスに狙われやすいから念の為、基地を一般には公開していないんだ。｝

これはもうあり得ないです。主人公は誰に説明しているんですか？急に読者に説明するというメタ行動になり、一気にリアリティラインが陳腐になります。
説明じゃなく描写にしてください。

例えば、メール本文として出すパターンで

【注意】集合場所は機密扱いです。本メールの転送・口外は禁止。
入口で受付番号を提示し、係員の誘導に従ってください。

とかでいいです。トラスに狙われやすいから、などは言わなくても読者に自然に伝わります。