上層部三司令官の一人が暗殺され、残る二人の司令官は激怒と共に西軍長官ハモンドに犯人の抹殺を命じる。

ハモンドは逆賊となった東軍の生き残りであるカイルに司令官殺しの容疑を掛け、監獄から出所させた暗殺者ギエル、アムド、サリナを処刑の刺客として日の本に向かわせる。

かつてエクシード・チルドレン昇格の座をカイルと争い、その狂暴性故に堕ちたギエルは復讐の念と共にカイルを狙う。

かつてのストレンジャー強兵部隊の基地をエクシード・チルドレンのアジトとして占拠した八武将の昴もまたハモンドよりカイル処刑を命じられたが、昴は後輩でもあるカイルを信じ、命令に反する。

片や昴の相方として行動していた同じく八武将のラミアは、大佐昇進の為にハモンドに従う。

亡き戦友エルダの意志を継いで北の楽園をストレンジャーから守ろうと戦うカイルは、リシェル、マオリ、火ノ丸と共に楽園に渡り、北の小さな村で四元素の能力を持つ最後の一人の情報を得る。

ハモンドの命により、北の楽園に上陸したギエルと民間人に成り済ましていたサリナの暗躍でマオリを更に北の露と呼ばれる大陸に連れ去られ、カイルは戦友天音、昴と共に露の大陸へと渡り、ギエルを撃破。

無事にマオリを救い出すも、次なる司令官自らが部隊を率いてカイル抹殺に現れる。

マオリによってかつての正義を取り戻したギエルがカイルの容疑を自分に着せて司令官を爆殺。

更に残る暗殺集団の一人、アムドもカイルによって倒される。

暗殺集団を撃破し、日の本本土のアジトへ帰還するカイル達だが、既にラミアが大佐としてアジトを占拠し、相方だった昴をも逆賊として抹殺しようとする。

かつてのエルダ同様にマオリを我が物にしようとするラミアは、カイルとの一騎打ちに臨む。

そこで死んだと思われていた東軍大佐だったセラが合流し、戦況は一気にカイル達に傾く。

一気に不利になったラミアは北の楽園に逃亡し、カイル達に追われる立場となるが、最後の司令官の命を受けたハモンドは露の大陸のストレンジャーを支配下に置き、北の楽園を制圧に乗り出す。

一方、カイル達の留守中にリシェルと火ノ丸は、民間人に扮したサリナに狙われながらもそれを撃退し、四元素最後の一人、風の少年ケリーと出会い、生き別れの母を露の大陸に救いに行こうと、ケリーは仲間に加わる。

北の楽園に次々と上陸する露のストレンジャー部隊をカイルとセラ、そして天音が次々に撃破していく中、ストレンジャー達と結託した最後の司令官の艦隊に復讐の鬼神となった元東軍長官ジュラが降臨し、最後の司令官も消される。

鬼神となったジュラは、地球上最強生物となる為に全てのストレンジャーだけでなく、エクシーダーをも倒さんとする。

ジュラと遭遇し、倒された天音はエクシーダーとしての力を失いながらもカイルとセラによって救出され、カイルは相打ち覚悟でジュラを退かせる。

セラは重傷を負ったカイルとエクシードパワーを失った天音と共に北の小さな村に戻るが、そこでは奇襲してきたラミアをリシェルとマオリが戦いの末に捕らえていた。

大半のストレンジャー部隊を失ったハモンドだが、三司令官が死亡した事により自らが司令官となり、西軍の正規軍を率いて北の村への襲撃を仕掛けてくる。

正規軍の中にはストレンジャーの精鋭もおり、カイルと天音が戦力外となった状況ではエクシーダー達に勝ち目は無かった。

頼みの綱であるセラの前にはハモンドの補佐にして八武将の一人ノーザンが立ちはだかり、村はリシェルとマオリ、火ノ丸と戦力不足は否めない。

力を失った天音も援護するが、精鋭ストレンジャー相手には通用しない。

そこでまさかのラミアがエクシード・チルドレンの誇りと共に精鋭ストレンジャーの一人に立ち向かい、相討ちとなるが、全てのエクシードパワーを同志天音に託す。

ラミアの力を受け継いだ天音は、電光石火の強さで精鋭部隊を殲滅に追い込むが、村に潜入していた暗殺者サリナの毒牙からリシェルを守り、毒に侵されてしまうも、サリナを屈服させる。

しかし、リシェルが天音の解毒にセラを呼びに行く中、天音の前には司令官ハモンドが現れる。

失敗したサリナもろとも天音を処刑しようとするハモンドからサリナを救う天音だが、遂にハモンドの前に敗れ、命を落とした。

盟友を失ったカイルは怒りと共に復活し、共に立ち上がるマオリやリシェル、火ノ丸と共にハモンドの本隊と激突する。

激しい戦いが繰り広げられ、遂にカイルはハモンドを追い詰めるが、生き延びたノーザンがハモンドを救出し、その場から撤退する。

辛くも北の村を守ったカイル達は、ストレンジャーと内通したハモンドを必ず倒す事を天音の墓に誓うのだった。

※異端児の挽歌第二幕参照。