ご感想と鋭いご質問ありがとうございます。こんな拙い時間遅延のトリックを楽しんでいただけて、大変嬉しく思います。感謝申し上げます。

ご質問いただいた博士の動機と意図についてですが、短編小説にしようと考えた手前、詳しくは描写しておりませんでしたが、作者としての裏設定、意図を少し、ご説明させていただきます。

結論から言うと、博士は最初から殺されるよう仕向けた訳ではございません。
博士が告げた99％を間引いて資源にするというのは、彼なりの人類という種を新惑星へ届けるための、冷酷ですが唯一の合理的な計画でした。博士は、優秀な監督官である主人公なら、この過酷な現実と計算を理解し、協力してくれると思っていたのです。
ただし、博士は優秀ですから、協力してくれない場合も想定し、万が一殺害されることにでもなったら、復讐しなければ。と事前に罠を仕掛けておいたということにしたかったのが、私の意図するところでした。

結果、過剰な倫理観を持った主人公は激昂し、突発的に博士を殺してしまいます。
致命傷を負い、死にゆく博士の根底にあったのは、自分の完璧な人類生存計画を、主人公の薄っぺらな理想論が台無しにした。という強烈な怒りと皮肉です。
お前は私の冷徹な真実（間引き）を否定して、綺麗な理想論（全員生存）を選んだ。ならば、お前のその誰も見捨てないと言う綺麗事のせいで、３万人全員が目を覚まし、共食いして絶滅する地獄をみせてやる。
これが博士の復讐の動機です。
最初から狂人であったわけではなく、自分の完璧な計算を愚かな感情で壊された、冷徹な天才の最後の悪意として罠を仕掛けました。

このような内容を文章に詰め込みたかったのですが、はまさお様のおっしゃるとおり、意図が伝わらなかったですよね。申し訳ございません。
こんな素人の書いた小説に、丁寧にコメントいただき本当にありがとうございました。
これからも楽しんでいただけるよう、文章力を高めてまいります。