健太と城島が次なる標的として定めたのは、関西の裏社会を影で操る謎の組織、「時の支配者」だった。彼らは、時間操作の技術を悪用し、過去を改変することで、自分たちに有利な未来を作り出そうと企んでいた。

「時の支配者」の存在を知った城島は、彼らの野望を阻止するため、健太と共に組織のアジトへと潜入する。そこで彼らは、信じられない光景を目にする。

　アジトの中央には、巨大な装置が設置されており、その装置からは、時空の歪みが生じていた。そして、その歪みの中から、奇妙な姿をした男が現れた。

　その男は、赤い帽子をかぶり、オーバーオールを着ていた。しかし、その顔は、マリオではなく、どこか異質な雰囲気を漂わせていた。

「我こそは、時の支配者。クロノトリガーとマリオが合体した、最強の存在だ！」

　男は、そう叫び、健太と城島に襲い掛かる。彼の攻撃は、時間操作の力によって強化されており、健太と城島は、苦戦を強いられる。

　しかし、城島は、冷静に状況を分析し、男の弱点を見抜く。彼は、男の時間操作の力が、装置と連動していることを突き止める。

「装置を破壊すれば、奴の力は弱まる！」

　城島の指示に従い、健太は装置へと突進する。しかし、男は、それを阻止しようと、時間操作の力を使って、健太を過去へと飛ばしてしまう。

　健太が飛ばされたのは、中世の時代だった。そこは、クロノトリガーの世界であり、彼は、そこで、クロノたちと出会う。

　クロノたちは、健太の話を聞き、彼に協力することを決意する。彼らは、共に現代へと戻り、男との戦いに挑む。

　現代に戻った健太たちは、クロノたちの力を借りて、男との戦いを有利に進める。そして、ついに、装置を破壊することに成功する。

　装置が破壊されたことで、男の時間操作の力は失われ、彼は、ただの弱い敵へと成り下がる。健太と　　　　城島は、クロノたちと共に、男を倒し、「時の支配者」の野望を阻止することに成功する。

事件後、クロノたちは、自分たちの時代へと戻り、健太と城島は、再び裏社会との戦いに身を投じる。

物語は、クロノトリガーとマリオが合体した敵との戦いを通して、時間操作の力を悪用することの危険性を描き、健太と城島の新たな戦いを描く、壮大なSFクライムサスペンスとして、新たな展開を見せる。