幕府に変わって現代風の新組織作るというのは朝廷との兼ね合いあるどころの話ではありませんね。他作品Disるわけじゃないけど幕府を作るでもなく国名まで変えて朝廷の朝の字も一切出てこない作品ありますけど、それだと足利幕府や秀吉どころの話でなく、ほば朝敵に等しい感じだと思いますが…。
信長にしても暦を巡って朝廷と揉めてたくらいだし(これが本能寺の変における朝廷黒幕説根拠のひとつ)。豊臣家内で五大老や五奉行だの言ってもあくまで関白や太閤という朝廷の威光前提。
なのに、国名変えて幕府でもない国家中枢機能として新政府作るのはそうとう難しいというか、厳しいはず。石鹸やキノコに塩でボロ儲けして、貨幣鋳造し、あげく朝廷もへったくれもなく新政府みたいな荒業を現実感ゼロだと否定するものではないですけど。
ただ、他作品見るに、朝廷の存在感皆無なのが常であり、チート系の戦国ものにせよ、もう少し重要さを盛り込んでもよいのでは…と思い、本作品は当初から朝廷方面は何かと触れてきました。それでも国名、暦、国家体制とかそのへんまとめてドンはほぼクーデターか革命に等しいので織田幕府成立より13年近く経ち、ようやく端緒。ここから完全な刷新までそうとうかかるはず。結論として朝廷を取り込まず現代ぽい新政府とか100%無理でしょうね。